荷蘭植物生態(tài)表型中心(Netherlands Plant Eco-phenotyping Centre,NPEC)由荷蘭瓦赫寧根大學(Wageningen University & Research, WUR)與烏得勒支大學(Utrecht University) 共同合作建設和運營。中心于2017年遞交提案,2022年9月底正式啟用,研究重心在于植物表型與環(huán)境的相互關系,力圖將植物研究引入自動化和大數(shù)據(jù)的時代。

NPEC研究設施與其六大研究模塊
NPEC在幾年時間中陸續(xù)建設完成了六大研究模塊,其中包括3套安裝在FytoScope大型步入式水培植物生長室中的PlantScreen XYZ三維移動式植物表型成像分析系統(tǒng)、1套PlantScreen-SC移動式植物表型成像分析系統(tǒng)、36單元Ecolab土壤-植物-大氣綜合研究微生態(tài)系統(tǒng)、多套FluorCam葉綠素熒光成像系統(tǒng)等。

左圖:FytoScope大型步入式水培植物生長室;右圖:PlantScreen XYZ三維移動式植物表型成像分析系統(tǒng):成像平臺上集成有葉綠素熒光、多光譜熒光、RGB、高光譜、紅外熱成像等多種表型成像傳感器,成像平臺可XYZ三維移動并自動測量

PlantScreen-SC植物表型成像分析系統(tǒng)是一套獨立運行系統(tǒng),配備萬向輪,可在溫室、培養(yǎng)室之間靈活移動、就近測量,測量方式為人工加樣+自動測量的半自動測量模式,可完成葉綠素熒光、多光譜熒光、RGB、高光譜、紅外熱成像等多種表型成像測量

Ecolab土壤-植物-大氣綜合研究微生態(tài)系統(tǒng)包括上部大氣單元和下部土壤單元,分別模擬和監(jiān)測光照、溫濕度、水分含量等環(huán)境指標。上部單元作為動植物的棲息地用于研究植物地上部環(huán)境響應以及動植物相互作用;下部單元用于研究土壤過程以及土壤動物與植物根系與土壤的互作
2023-2024年,NPEC安裝完成了兩套最新型的植物表型成像系統(tǒng)。NPEC分別將其命名為“太陽神”(Helios)和 “冥王”(Hades)。其中“太陽神”(Helios)系統(tǒng)為一套PlantScreen傳送帶版高通量植物表型成像分析系統(tǒng)。這套系統(tǒng)利用傳送帶將植物傳送到成像室中進行測量,實現(xiàn)了高通量、高精度、低干擾、多角度的植物表型成像測量,同時還可自動控制植物的生長環(huán)境,包括澆灌、光照、溫度及動態(tài)周期變化等。

“冥王”(Hades)系統(tǒng)則為一套PlantScreen高通量瓊脂培養(yǎng)植物表型成像分析系統(tǒng)。這是一套專門為瓊脂平板培養(yǎng)植物進行自動接種、培養(yǎng)與表型成像分析的系統(tǒng)。該系統(tǒng)為全自動機器人操作,包括傾倒瓊脂、播種、層積催芽、接種、成像分析全自動運行。可容納2160個特制培養(yǎng)皿的全自動全流程高通量表型分析。系統(tǒng)由具備GMO(轉(zhuǎn)基因生物)控制區(qū)的環(huán)控室、操作臺、培養(yǎng)柜(包括層積催芽柜)、機器人及成像工作站等組成,可進行根系形態(tài)成像分析、GFP等熒光蛋白成像分析、葉綠素熒光成像分析、多光譜成像分析、高光譜成像(透射光)分析及香豆素熒光高光譜成像分析等

NPEC利用這些表型組學設備已經(jīng)開展了一系列研究工作并取得了大量的科研成果,部分研究案例如下:
馬鈴薯胞囊線蟲(PCN)是全球馬鈴薯產(chǎn)區(qū)最具破壞性的病原線蟲之一,每年造成巨大的經(jīng)濟損失。PCN在田間的侵染通常呈“病灶”狀分布,即僅在某些區(qū)域集中發(fā)生。然而,早期、精準地定位這些病灶非常困難,因為傳統(tǒng)的土壤取樣和線蟲鑒定方法既耗時又費力。因此,開發(fā)一種快速、非破壞性、癥狀前的檢測技術,對于實現(xiàn)精準的局部防控、減少農(nóng)藥使用和降低經(jīng)濟損失具有重要意義。本研究旨在探索葉綠素熒光分析作為一種前沿的植物生理監(jiān)測技術,是否能夠通過檢測植物地上部光合系統(tǒng)的細微變化,來間接、早期地診斷出地下部根系的PCN侵染。
研究人員將番茄種植于PlantScreen高通量傳送帶表型系統(tǒng)的樣品托盤中,設置了5個不同梯度的PCN接種密度,利用PlantScreen系統(tǒng)的FluorCam葉綠素熒光成像單元在接種后連續(xù)自動監(jiān)測26天的葉綠素熒光動態(tài)成像。
研究發(fā)現(xiàn),葉綠素熒光參數(shù)對PCN侵染的響應遠早于傳統(tǒng)生長指標:
1)極早期響應: 在接種后第1天,反映光合速率的ΦPSII和光合系統(tǒng)熱耗散的NPQ就發(fā)生了顯著變化。此時,線蟲可能尚未侵入根系,研究者推測可能是線蟲卵自發(fā)孵化或其分泌的特定分子(效應子)觸發(fā)了植物的早期免疫反應所致。
2)高靈敏度: ΦPSII是對低水平侵染最敏感的指標。即使在最低接種密度(5卵/克土)下,從第1天起就能檢測到其下降。而NPQ則在第1天對高接種密度表現(xiàn)出響應。
最大光化學效率Fv/Fm、PSII潛在活性Fv/F0則響應較晚且對低侵染水平不敏感。
本研究成功證明了:葉綠素熒光分析,特別是NPQ和ΦPSII這兩個參數(shù),能夠作為一種極其靈敏的工具,在番茄植株出現(xiàn)任何可見癥狀之前,有效檢測出地下部的馬鈴薯胞囊線蟲侵染。

不同葉綠素熒光參數(shù)隨蟲卵密度、侵染進程的變化
隨著氣候變化加劇,熱浪、洪澇和干旱等極端天氣事件頻發(fā),嚴重威脅作物生產(chǎn)。馬鈴薯作為全球重要的糧食作物,其生長和產(chǎn)量極易受到不良環(huán)境條件的影響。本研究旨在對馬鈴薯(栽培種 'Désirée')應對單一及復合非生物脅迫(高溫、干旱、澇漬)進行綜合性分析,通過整合高通量表型分析和多組學數(shù)據(jù),深入理解馬鈴薯在模擬未來現(xiàn)實氣候情景下的脅迫響應機制,并建立了一個生物信息學分析流程來整合這些復雜數(shù)據(jù)。這項研究由包括荷蘭瓦赫寧根大學和烏得勒支大學在內(nèi)的多家歐洲學術與科研單位參與,是歐盟ADAPT馬鈴薯育種項目的重要研究成果之一。

歐盟ADAPT馬鈴薯育種項目參與單位
研究人員對馬鈴薯植株施加單一脅迫(熱應激 H、干旱 D、澇漬 W)以及復合脅迫(熱+干旱 HD、熱+干旱+澇漬 HDW),并設置恢復期,以模擬田間可能出現(xiàn)的連續(xù)脅迫,并使用PlantScree高通量表型成像分析系統(tǒng)進行連續(xù)表型分析,監(jiān)測植物體積、高度、葉面積、緊湊度等形態(tài)指標,以及葉綠素熒光(如QY_Lss, Fv/Fm_Lss, qL_Lss)和熱成像(冠層溫度ΔT)等生理指標。結果表明,所有脅迫均抑制生長,但程度不同,復合脅迫HD的影響大于單一脅迫;澇漬(W)的影響最迅速和嚴重;三重脅迫(HDW)導致植株近乎死亡。而在光合系統(tǒng)損傷中,所有脅迫均降低了PSII的光化學效率(QY_Lss),其中熱應激H脅迫影響最大。
結合其他組學數(shù)據(jù),該研究證實了馬鈴薯對復合脅迫(尤其是熱+干旱+澇漬HDW)的極端敏感性,同時明確了高溫脅迫通過抑制光合作用和塊莖形成信號(SP6A)來影響產(chǎn)量的關鍵環(huán)節(jié)。該研究可為馬鈴薯抗逆育種提供重要的候選靶點和診斷工具,有助于加速培育適應未來氣候變化的馬鈴薯品種。

左圖:單一、復合脅迫處理和表型組學數(shù)據(jù)采樣的實驗設計綜述;右圖:單一和復合脅迫下的多層次響應簡圖
植物光合作用研究對生產(chǎn)力和產(chǎn)量至關重要。隨著高通量表型系統(tǒng)設施的發(fā)展,光合表型的測量變得可靠、高效。然而,盡管植物級別的表型分析已自動化,但葉片級別的信息通常仍依賴于手動標注,限制了研究效率。本研究提出了一種新方法,用于在植物(以擬南芥為例)的頂部拍攝圖像時間序列中,對單個葉片進行自動檢測、分割和追蹤。
研究者將兩個擬南芥生態(tài)型(Col-0 和 Ely)在PlantScree XY三維移動表型成像系統(tǒng)中進行不同光處理(恒定光與波動光),并分析其光合參數(shù)(最大光量子產(chǎn)量Fv/Fm和光系統(tǒng)II實際效率ΦPSII)。植株級別葉綠素熒光成像分析表明Col-0的Fv/Fm和ΦPSII均顯著高于Ely,且Ely的光合參數(shù)對波動光處理的響應更明顯。葉片級別葉綠素熒光成像分析則進一步表明葉片年齡和葉序顯著影響光合能力及其對光處理的響應。在Ely中,葉片F(xiàn)v/Fm在其出現(xiàn)約一周后達到峰值然后下降;幼葉對波動光的ΦPSII響應比老葉更強烈。
該方法能夠高效、自動化地追蹤單個葉片,為研究葉片發(fā)育、光合作用動態(tài)及其遺傳基礎提供了有力的新工具。

左圖:分析流程的圖形摘要;右圖:擬南芥Col-0最大光量子產(chǎn)量Fv/Fm的植株級別和葉片級別動態(tài)數(shù)據(jù)
羅勒(Ocimum basilicum L.)作為熱帶草本植物,在低于10–12℃的低溫貯藏時易發(fā)生冷害,表現(xiàn)為葉片褐斑、壞死、失去光澤等。本研究希望通過采收前短期高光處理(EOP)提升羅勒的碳水化合物和抗氧化物質(zhì)含量,看是否能夠增強其采后耐冷性。研究人員將兩個羅勒品種(Emily 和 Dolly)在垂直農(nóng)業(yè)系統(tǒng)中,使用LED光源(150 μmol·m?²·s?¹)進行培養(yǎng)。采收前5天,分別施加50、150、300、600 μmol·m?²·s?¹的光照強度。采后葉片在4°C(冷害條件)和12°C(非冷害條件)下黑暗貯藏12天,定期取樣分析。
利用FluorCam葉綠素熒光成像系統(tǒng)測量后發(fā)現(xiàn),羅勒葉片最大光化學效率Fv/Fm在4°C貯藏下顯著下降,但EOP光強對其無顯著影響。Fv/Fm反映了植物光合反應中心在脅迫條件下的損傷程度,是目前衡量植物受脅迫程度與抗性高低最靈敏的指標之一。因此,結果表明,EOP高光可有效提升羅勒的營養(yǎng)價值(碳水化合物、迷迭香酸、抗壞血酸),但未能增強羅勒的耐冷性。

不同處理的Fv/Fm與整體視覺品質(zhì)
參考文獻:
北京易科泰生態(tài)技術公司提供植物表型分析技術全面解決方案并提供相關參考文獻:

左圖: PlantScreen植物表型成像分析系統(tǒng);右圖:PhenoTron® PTS植物表型成像分析系統(tǒng)

左圖:新一代FluorCam1300多激發(fā)光多光譜熒光成像系統(tǒng);中:FluorTron®植物光合表型成像分析系統(tǒng);右:利用易科泰葉綠素熒光成像技術測量番茄種子萌發(fā)率并評估種苗活力

PhenoTron®智能LED光源培養(yǎng)與表型分析平臺與西洋參誘變育種葉綠素熒光成像(EcoTech®實驗室)